Durante la amplia historia de este órgano, ha tenido multitud de titulares, así como ha sido suprimido en varias ocasiones (1924–1932) o su titularidad ha recaído en el subsecretario de Hacienda (1903–1917; 1932–1977). Aquí se recoge una lista detallada de todos aquellos individuos que han asumido, de forma independiente al subsecretario, la jefatura de la Inspección General
- Juan Loren (1881)
- Olegario Andrade (1881–1883)
- José Gimeno Agius (1883–1886)
- Ángel González de la Peña (1886–1887)
- Francisco Armengol y Marroquí (1887–1888)
- Adrián Mínguez y Ranz (1888–1890)
- Miguel Monares e Insa (1890–1892)
- Ernesto de Boneta y Hervías (1892)
- Juan Bautista Ávila y Fernández (1892–1894)
- Mariano Toledano Laborda (1894–1896)
- Zenón del Alisal (1896–1897)
- José de Villalobos y Ostoby (1897–1901)
- Ernesto de Boneta y Hervías (1901–1902)
- Carlos Regino Soler (1902–1903)
- Arturo Valgañón y Romero (1917–1924)
- Alfonso Gota Losada (1977–1979)
- Luis Perezagua Clamagirand (1979–1981)
- Jorge Buiréu Guarro (1981)
- José Aurelio García Martín (1981–1984)
- Francisco Javier Paramio Fernández (1984–1987)
- Joaquín Soto Guinda (1987–1996)
- Teresa María Sarmiento Gómes-Pereira (1996–1998)
- Angelina Trigo Portela (1998–2004)
- Juan Antonio Blanco-Magadán Amutio (2004–2005)
- Juan Ángel Esteban Paúl (2005–2008)
- José Carlos Fernández Cabrera (2008–2012)
- Angelina Trigo Portela (2012–2013)
- Carmen Alcalá Sacristán (2013–2020)
- Juan Ángel Esteban Paúl (2020–presente)