En España, la coordinación de la aplicación y gestión de los Fondos Estructurales y del Fondo de Cohesión recae en el Ministerio de Hacienda, a través de la Dirección General de Fondos Europeos de la Secretaría de Estado de Presupuestos y Gastos. Entre otras, esta Dirección General tiene atribuidas las siguientes competencias y funciones:

• El análisis, seguimiento y evaluación de los flujos financieros con la Unión Europea y el enlace con la Unión Europea para asuntos presupuestarios.
• La negociación con la Comisión Europea de los asuntos relacionados con los fondos estructurales europeos y con el Fondo de Cohesión.
• La coordinación y cooperación con las Administraciones territoriales en lo relativo a la programación, seguimiento, evaluación y control de los fondos estructurales comunitarios y del Fondo de Cohesión, así como la coordinación del resto de Departamentos ministeriales responsables de la gestión de fondos estructurales.
• La elaboración de estudios y coordinación de evaluaciones de programas financiados con fondos estructurales europeos.
• La propuesta de los pagos del Fondo Europeo de Desarrollo Regional y del Fondo de Cohesión a los beneficiarios finales de los mismos.
• La realización de las verificaciones y la propuesta de las medidas correctoras precisas para asegurar el buen funcionamiento del sistema de gestión y control de cada programa operativo del FEDER y del Fondo de Cohesión.
• La programación, selección y seguimiento de las actuaciones que deben ser financiadas con cargo a los recursos del Fondo de Solidaridad de la Unión Europea, el Instrumento Financiero del Espacio Económico Europeo y el Fondo de Inversiones en Teruel