El Parque Móvil del Estado, O.A. consta de dos órganos de gobierno: el Presidente y el Consejo Rector. La presidencia del organismo corresponde a la persona titular de la Subsecretaría del Ministerio de Hacienda, quien ocupa a su vez la presidencia del Consejo Rector. La composición del Consejo Rector consta de una presidencia, una vicepresidencia, una secretaría y un máximo de 12 vocales.
Los órganos ejecutivos que conforman el organismo son la Dirección General y cuatro subdirecciones. La persona titular de la Dirección General será quien ocupe la vicepresidencia del Consejo Rector. De la Dirección General dependen la Secretaría General, la Subdirección General de Movilidad Oficial, la Subdirección General de Gestión Económica y la Subdirección General de Recursos Humanos.
El Organismo está sometido a la supervisión continua del Ministerio de Hacienda, a través de la Intervención General de la Administración del Estado, conforme a lo dispuesto en el artículo 85.3 de la Ley 40/2015, de 1 de octubre.