Espainian, Egitura Funtsen eta Kohesio Funtsaren aplikazioaren eta kudeaketaren koordinazioa Ogasun Ministerioa dagokio,Aurrekontuen eta Gastuen Estatu Idazkaritzaren Erkidegoko Funtsen Zuzendaritza Nagusiaren  bitartez. Besteak beste, Zuzendaritza Nagusi honek ondorengo eskumenak eta funtzioak ditu:

• Europar Batasunarekin dauden finantza-fluxuen analisia, jarraipena eta ebaluazioa eta Europar Batasunarekin lotura ahalbidetzea aurrekontu gaietarako.
• Europako Batzordearekin negoziatzea Europako egitura funtsekin eta kohesio funtsarekin loturiko gaien inguruan.
• Lurralde Administrazioekiko koordinazioa eta lankidetza erkidegoko egitura funtsekin eta kohesio funtsarekin loturiko programazio, jarraipen, ebaluazio eta kontrol lanetarako, bai eta egitura funtsen kudeaketaren ardura duten gainontzeko ministerioko departamentuen koordinazioa.
• Europako egitura funtsekin finantzatutako programen ebaluazioen koordinazioa eta azterlanak.
• Eskualde Garapenerako Europako Funtsaren (EGEF) eta Kohesio Funtsaren ordainketen proposamena funts horien azken onuradunentzat.
• Behar diren egiaztapenak egitea eta neurri zuzentzaileak proposatzea EGEFaren eta Kohesio Funtsaren programa eragile bakoitzaren kudeaketa eta kontrol sistemaren funtzionamendu egokia bermatzeko.
• Europar Batasuneko Elkartasun Funtsarekin, Europako Ekonomia Esparruko Finantza Tresnarekin eta Teruelerako Inbertsioen Funtsarekin finantzatzen diren jardueren programazioa, hautaketa eta jarraipena.