A Espanya, la coordinació de l'aplicació i gestió dels Fons Estructurals i del Fons de Cohesió recau en el Ministeri d'Hisenda, a través de la Direcció General de Fons Europeus  de la Secretaria d'Estat de Pressupostos i Despeses. Entre d'altres, aquesta Direcció General té assignades les competències i funcions següents:

• L'anàlisi, seguiment i avaluació dels fluxos financers amb la Unió Europea i l'enllaç amb la Unió Europea per a afers pressupostaris.
• La negociació amb la Comissió Europea dels afers relacionats amb els Fons Estructurals Europeus i amb el Fons de Cohesió.
• La coordinació i cooperació amb les Administracions territorials quant a programació, seguiment, avaluació i control dels fons estructurals comunitaris i del  Fons de Cohesió, així com la coordinació de la resta de departaments ministerials responsables de la gestió de fons estructurals.
• L'elaboració d'estudis i coordinació d'avaluacions de programes finançats amb fons estructurals europeus.
• La proposta dels pagaments del Fons Europeu de Desenvolupament Regional i del Fons de Cohesió als beneficiaris finals d'aquests.
• La realització de les verificacions i la proposta de les mesures correctores precises per assegurar el bon funcionament del sistema de gestió i control de cada programa operatiu del FEDER y del Fons de Cohesió.
• La programació, selecció i seguiment de les actuacions que han de ser finançades amb càrrec als recursos del Fons de Solidaritat de la Unió Europea, l'Instrument Financer de l'Espai Econòmic Europeu i el Fons d'Inversions a Terol.